أنشأ الاتحاد العربي للناقلين البحريين بتاريخ 11 أبريل / نيسان 1979 من قبل لجنة المندوبين المخولين وهم (المملكة الأردنية الهاشمية، الجمهورية العربية السورية، الجمهورية العراقية، فلسطين، الجماهيرية العربية الليبية الشعبية الديموقراطية، الخطوط البحرية الوطنية الأردنية، شركة الملاحة العربية المتحدة، الشركة العربية البحرية لنقل البترول، مجلس الوحدة الاقتصادية) ومقره الرئيسي (بغداد)، وبناءاً على التعميم الموجه من الأمين العام المساعد السابق والمؤرخ في عمان بتاريخ 8 يوليو / تموز 2003 وموجه إلى كافة السادة الأعضاء والمتضمن طلب عقد اجتماع عاجل خارج العراق ليتم تدارس جدول الأعمال المقترح ومن ضمنه إيجاد مقر بديل للأمانة العامة للاتحاد بدلاً من المقر الحالي في العراق، عقدت الجمعية العمومية للاتحاد اجتماعها في بيروت بتاريخ 5-6 يناير / كانون الثاني 2003 وتم اتخاذ قرار بنقل مقر الاتحاد من بغداد إلى بيروت، وانتخاب مجلس إدارة جديد، وتعيين أمين عام جديد للاتحاد وأبلغت هذه القرارات إلى مجلس الوحدة الاقتصادية العربية والذي وافق عليها.
وبتاريخ 23 ديسمبر / كانون الأول 2004 أصدر مجلس الوزراء اللبناني القرار رقم 54 باعتماد بيروت مقراً للاتحاد، ومنحه الامتيازات والحصانات اللازمة بموجب المرسوم رقم 14128 تاريخ 4 فبراير / شباط المنصوص عليها في القانون رقم 114 بتاريخ 7 ديسمبر / كانون الأول 1991. ويذكر بأن الاتحاد العربي للناقلين البحريين هو من الاتحادات النوعية المتخصصة التابعة لمجلس الوحدة الاقتصادية العربية في جامعة الدول العربية.